영산강 지류 남해포에서 해신제를 지내게 된 것은 고려 현종 원년(1010)에 거란이 군사40만을 이끌고 침략하였을때 현종이 이곳으로 와 잠을 자는데 그날 밤 꿈에 백발의 수신이 나타나 몽탄으로 피하라고 하여 적으로부터 피할 수 있었다고 한다.
그후 현종은 자신의 신변을 보호해준 꿈속의 백발 수신을 위해 남해포에 당을 짓게 하고 인근 6개 고을(나주, 영암, 해남, 강진, 영광, 함평) 수령들에게 춘추로 향과 축을 내려 제사를 지내게 하였다.
현재 남해신사 건물은 영암군이 1997년 목포대학교박물관의 발굴조사로 확인된 신당, 내삼문, 외삼문, 익실 등의 건물터와 담장 등의 주변시설물 중 신당과 내삼문을 2001년에 복원하여 매년 봄 ·가을에 남해신사제례보존위원회 주최로 대제(大祭)를 올리고 있다.